Bakalářské práce

Translace a její regulace u rostlin
Typ práce: Bakalářská práce
Školitel: RNDr. David Honys, Ph.D.
Konzultant: RNDr. Věra Čapková, CSc., Said Hafidh, Ph.D.

Předběžná náplň práce:
Genová exprese (nejen) u rostlin je regulována na mnoha úrovních. Mimo základní úrovně transkripční je to zejména translace, která dokáže mnohem operativněji reagovat na aktuální fyziologický stav buňky, a to jednak kontrolovanou aktivací příslušných transkriptů a jednak jejich správnou lokalizací. Výtečným jednoduchým a v naší laboratoři zavedeným modelem studia regulace translace je pyl a polárně rostoucí pylová láčka, u nichž se snoubí fenomény skladování mRNA, jejího transportu a lokalizované translace. Cílem práce bude shromáždit současnou literaturu na toto téma a připravit teoretický základ pro budoucí diplomovou práci s velkým potenciálem k dosažení prioritních výsledků.

Téma je řešeno v rámci projektu GAČR, kde jsou také pro studenta alokovány osobní finanční prostředky.

Translace v neuronech a pylových láčkách
Typ práce: Bakalářská práce
Školitel: RNDr. David Honys, Ph.D.
Konzultant: RNDr. Věra Čapková, CSc., Said Hafidh, Ph.D.

Předběžná náplň práce:
Samčí gametofyt semenných rostlin představuje velice redukovanou strukturu optimalizovanou k dopravení samčích pohlavních buněk k vajíčku. To je umožněno přímo explozivním růstem pylové láčky bezprostředně po dopadu na bliznu. Jedním z adaptačních mechanismů umožňující takto intenzivní růst, limitovaný zejména syntézou buněčné stěny, je syntéza řady látek do zásoby. Mezi ně patří i molekuly mRNA kódující láčkové bílkoviny a skladované v obrovském množství ve formě specifických ribonukleoproteinových částic, které jsou bezprostředně po vyklíčení pylu transportovány na místo určení (do špičky) a průběžně translatovány. V naší laboratoři bylo zjištěno, že právě tato forma skladování a aktivace mRNA je analogická fenoménu popsanému u rostoucích nervových buněk obratlovců a cílem práce bude srovnávací rešerše skladování a osudu RNA v těchto dvou systémech – v pylových láčkách a v neuronech. Práce by měla vyústit v práci diplomovou.

Téma je řešeno v rámci projektu GAČR, kde jsou také pro studenta alokovány osobní finanční prostředky.

Skladování a transport mRNA v rostlinných buňkách
Typ práce: Bakalářská práce
Školitel: RNDr. David Honys, Ph.D.
Konzultant: RNDr. Věra Čapková, CSc., Said Hafidh, Ph.D.

Předběžná náplň práce:
Skladování, transport a lokalizovaná translace mRNA představuje mocný nástroj kontroly genové exprese účastnící se mj. klíčových regulačních procesů morfogeneze (např. květní indukce semenných rostlin či déle známá embryogeneze octomilky). Není překvapivé, že výzkum v živočišných systémech je napřed, nicméně ředa zajímavých a důležitých poznatků již byla získána i u rostlin, částečně i v naší laboratoři. Cílem práce je proto shromáždit tyto poznatky formou literární rešerše a vytvořit informační základ pro navazující práci diplomovou, která by se týkala specifické formy skladování a transportu mRNA v rostoucích pylových láčkách. 

Téma je řešeno v rámci projektu GAČR, kde jsou také pro studenta alokovány osobní finanční prostředky.

Funkční genetika pylu
Typ práce: Bakalářská práce
Školitel: RNDr. David Honys, Ph.D.
Konzultant: RNDr. Nikoleta Dupľáková, Ph.D., Mgr. Antónia Gibalová

Předběžná náplň práce:
Vývoj a funkce samčího gametofytu, tj. zrání pylového zrna a následný růst pylové láčky k vajíčku, představuje velice specifický a přesně kontrolovaný vývojový proces, kterého se účastní celá řada genů. Většina jich byla popsána během několika transkriptomických experimentů, detailně funkčně charakterizován však byl jen zlomek z nich, nicméně tento soubor se poměrně rychle rozšiřuje. Cílem bakalářské práce proto bude revize současných znalostí - sepsání aktualizovaného přehledu genů, které se prokazatelně účastní kontroly vývoje a zrání pylu a růstu pylové láčky. Práce by také měla sloužit jako informační základ pro navazující v práci diplomovou. Anglická verze práce by mohla/měla být publikována jako krátký přehledný článek (minireview).

Téma je řešeno v rámci projektu GAČR, kde jsou také pro studenta alokovány osobní finanční prostředky.

Pylové -omiky
Typ práce: Bakalářská práce
Školitel: RNDr. David Honys, Ph.D.
Konzultant: Said Hafidh, Ph.D., Bc. Jan Fíla

Předběžná náplň práce:
Razantní nástup vysoce výkonných (-omických) metodických přístupů na přelomu tisíciletí se odrazil i ve výzkumu samčího gametofytu, pylu a pylové láčky, a jeho interakcí s gametofytem samičím. Mimo klasických metod genomických umožňujících většinu následných úrovní se postupně uplatnila zejména transkriptomika, proteomika, globální identifikace regulačních malých RNA (smRNA-omika?) s tím, že školitel a konzultanti se na těchto výzkumech z různých oblastech také podíleli a podílejí. Cílem práce bude literární rešerše z různých zdrojů integrující relevantních pylová –omická data získaná různými metodickými přístupy tvořící informační základ pro navazující práci diplomovou. Anglická verze práce by mohla/měla být publikována jako krátký souhrnný článek (minireview).

Téma je řešeno v rámci projektu GAČR, kde jsou také pro studenta alokovány osobní finanční prostředky.

Diplomové práce

Lokalizace skladované mRNA a její translace v pylu a pylových láčkách
Typ práce: Diplomová práce
Školitel: RNDr. David Honys, Ph.D.
Konzultant: RNDr. Věra Čapková, CSc., Said Hafidh, Ph.D.

Předběžná náplň práce:
Genová exprese (nejen) u rostlin je regulována na mnoha úrovních. Mimo základní úrovně transkripční je to zejména translace, která dokáže mnohem operativněji reagovat na aktuální fyziologický stav buňky, a to jednak kontrolovanou aktivací příslušných transkriptů a jednak jejich správnou lokalizací. Skladování, transport a lokalizovaná translace mRNA tak představuje mocný nástroj kontroly genové exprese účastnící se mj. klíčových regulačních procesů morfogeneze (např. květní indukce semenných rostlin či déle známá embryogeneze octomilky). Výtečným jednoduchým a v naší laboratoři zavedeným modelem studia regulace translace je samčí gametofyt, pyl a polárně rostoucí pylová láčka, u nichž se snoubí fenomény skladování mRNA, jejího transportu a lokalizované translace: molekuly mRNA kódující láčkové bílkoviny jsou skladované v obrovském množství ve formě specifických ribonukleoproteinových částic, které jsou bezprostředně po vyklíčení pylu transportovány na místo určení (do špičky) a průběžně translatovány. V naší laboratoři bylo zjištěno, že právě tato forma skladování a aktivace mRNA je analogická fenoménu popsanému u rostoucích nervových buněk obratlovců. Cílem práce bude vytvoření konstruktů umožňujících lokalizaci konkrétních ribonukleoproteinových částic v samčím gametofytu a jejich ověření. S ohledem na naše dosavadní výsledky má práce velký potenciál k dosažení prioritních výsledků.

Téma je řešeno v rámci projektu GAČR, kde jsou také pro studenta alokovány osobní finanční prostředky.

Úloha transkripčních faktorů rodiny bZIP při vývoji a zrání pylu
Typ práce: Diplomová práce
Školitel: RNDr. David Honys, Ph.D.
Konzultant: Mgr. Antónia Gibalová

Předběžná náplň práce:
Vývoj a funkce samčího gametofytu, tj. zrání pylového zrna a následný růst pylové láčky k vajíčku, představuje velice specifický a přesně kontrolovaný vývojový proces, kterého se účastní celá řada genů. Většina jich byla popsána během několika transkriptomických experimentů, detailně funkčně charakterizován však byl jen zlomek z nich. Mezi nimi hrají zásadní úlohu transkripční faktory. V naší laboratoři bylo zjištěno, že řada metabolických drah a zejména syntéza buněčné stěny je mimo jiné řízena i transkripčními faktory z genové rodiny charakterizované přítomností bazického zipu (bZIP). Cílem diplomové práce bude rozšíření znalostí o spektru procesů, které transkripční faktory rodiny bZIP (zejména faktor AtbZIP34) v pylu regulují. K tomu budou využity T-DNA inserční linie s mutacemi v genech, jejichž aktivita je zkoumanými transkripčními faktory řízena (tzv. downstream geny). 

Téma je řešeno v rámci projektu GAČR, kde jsou také pro studenta alokovány osobní finanční prostředky.

Postgraduální studium

Regulace translace v pylu a pylových láčkách
Typ práce: Disertační práce
Školitel: RNDr. David Honys, Ph.D.
Konzultant: RNDr. Věra Čapková, CSc., Said Hafidh, Ph.D.

Předběžná náplň práce:
Genová exprese (nejen) u rostlin je regulována na mnoha úrovních. Mimo základní úrovně transkripční je to zejména translace, která dokáže mnohem operativněji reagovat na aktuální fyziologický stav buňky, a to jednak kontrolovanou aktivací příslušných transkriptů a jednak jejich správnou lokalizací. Skladování, transport a lokalizovaná translace mRNA tak představuje mocný nástroj kontroly genové exprese účastnící se mj. klíčových regulačních procesů morfogeneze (např. květní indukce semenných rostlin či déle známá embryogeneze octomilky). Výtečným jednoduchým a v naší laboratoři zavedeným modelem studia regulace translace je samčí gametofyt, pyl a polárně rostoucí pylová láčka, u nichž se snoubí fenomény skladování mRNA, jejího transportu a lokalizované translace: molekuly mRNA kódující láčkové bílkoviny jsou skladované v obrovském množství ve formě specifických ribonukleoproteinových částic, které jsou bezprostředně po vyklíčení pylu transportovány na místo určení (do špičky) a průběžně translačně aktivovány. V naší laboratoři bylo zjištěno, že právě tato forma skladování a aktivace mRNA popsaná u pylu je analogická fenoménu známému u rostoucích nervových buněk obratlovců. Cílem práce bude detailní strukturní a funkční charakterizace multifunkčních ribonukleoproteinových komplexů popsaných u pylu včetně zkoumání dynamiky jejich složení a lokalizace. K tomu budou využity tradiční i moderní metodické přístupy molekulární i buněčné biologie nevyjímaje transkriptomiku a proteomiku.

Téma je řešeno v rámci projektu GAČR, kde jsou také pro studenta alokovány mzdové prostředky.
 
Laboratoř biologie pylu
Ústav experimentální botaniky AVČR, v.v.i.

Podrobné zadání prací vypisovaných LBP

Zpěthttp://www.pollenbiology.cz/Biologie_pylu/Kariera.html
Zpěthttp://www.pollenbiology.cz/Biologie_pylu/Kariera.html

Rozvojová 263

165 00 Praha 6 - Lysolaje

E-mail: david_at_ueb.cas.cz

Tel.: 225 106 450, 776 352 433

LBP ÚEB AVČRhttp://www.pollenbiology.cz/Biologie_pylu/Lab._biologie_pylu.html